Јован Мирковић рођен је 1. новембра 1943. године у селу Брезовац Субоцки код Новске. Завршио је Педагошку академију у Петрињи и Филозофски факултет Универзитета у Сарајеву, група Историја. Стекао је сва три степена у музејској струци.
Радио је у привреди и просвети (као наставник и директор школе). Од 1978. године ради у Спомен подручју Јасеновац као директор у два мандата (1978-1980. и 1990-1991), директор Народног свеучилишта Новска (1980-1984). У периоду 1984-1990. био на изборним и именованим функцијама.
У Музеј жртава геноцида у Београду дошао је 1. марта 1999, на радно местокустоса-истраживача. Прекид рада у звању, од 1991. до 1999, настао је због ратних дешавања.
Као директор Спомен подручја Јасеновац, организовао и спроводио истраживања споменичних (гробишта) локалитета, уређење простора, прикупљање и обраду музејске грађе и њену презентацију, рад са посетиоцима, издавачку делатност.
У Музеју жртава геноцида, уже подручје истраживања били су злочини геноцида и ратни злочини у време Другог светског рата, посебно у Независној Држави Хрватској. Од програмских активности Музеја, посебан допринос да је у дигитализацији, издавачкој делатности, сарадњи са сродним установама културе итд. Учествовао је на бројним научним скуповима, објављивао радова у различитим зборницима.
Тешко је набројати све радове (реч је о стотинама наслова). Два наслова која је објавио у последњих пет-шест година имају своје место у историографији и била су запажена код публике што потврђују тиражи: Злочини над Србима у Независној Држави Хрватској, Свет књиге и Музеј жртава геноцида, Београд 2015; Страдање Српске православне цркве у Независној Држави Хрватској, Свет књиге, Београд 2016. Обе књиге су штампане паралелно двојезичко – на српском и енглеском језику.

Судећи по читаоцима, Мирковићев најзначајнији рад јеObjavljeni izvori i literatura o jasenovačkim logorima, „GrafoMark“ Laktaši, „Besjeda“, Banja Luka, Muzej žrtava genocida Beograd, Banja Luka – Beograd, 2000, 551.С обзиром на то да је рад припремљен и у дигиталној интернет верзији, оно не припада само историографији у Срба јер има бројне кориснике широм света.
Радови Јована Мирковића су споменици нарочите врсте који ће нас подсећати на његов допринос историјској науци и култури сећања.