Jovan Mirković rođen je 1. novembra 1943. godine u selu Brezovac Subocki kod Novske. Završio je Pedagošku akademiju u Petrinji i Filozofski fakultet Univerziteta u Sarajevu, grupa Istorija. Stekao je sva tri stepena u muzejskoj struci.
Radio je u privredi i prosveti (kao nastavnik i direktor škole). Od 1978. godine radi u Spomen području Jasenovac kao direktor u dva mandata (1978-1980. i 1990-1991), direktor Narodnog sveučilišta Novska (1980-1984). U periodu 1984-1990. bio na izbornim i imenovanim funkcijama.
U Muzej žrtava genocida u Beogradu došao je 1. marta 1999, na radno mestokustosa-istraživača. Prekid rada u zvanju, od 1991. do 1999, nastao je zbog ratnih dešavanja.
Kao direktor Spomen područja Jasenovac, organizovao i sprovodio istraživanja spomeničnih (grobišta) lokaliteta, uređenje prostora, prikupljanje i obradu muzejske građe i njenu prezentaciju, rad sa posetiocima, izdavačku delatnost.
U Muzeju žrtava genocida, uže područje istraživanja bili su zločini genocida i ratni zločini u vreme Drugog svetskog rata, posebno u Nezavisnoj Državi Hrvatskoj. Od programskih aktivnosti Muzeja, poseban doprinos da je u digitalizaciji, izdavačkoj delatnosti, saradnji sa srodnim ustanovama kulture itd. Učestvovao je na brojnim naučnim skupovima, objavljivao radova u različitim zbornicima.
Teško je nabrojati sve radove (reč je o stotinama naslova). Dva naslova koja je objavio u poslednjih pet-šest godina imaju svoje mesto u istoriografiji i bila su zapažena kod publike što potvrđuju tiraži: Zločini nad Srbima u Nezavisnoj Državi Hrvatskoj, Svet knjige i Muzej žrtava genocida, Beograd 2015; Stradanje Srpske pravoslavne crkve u Nezavisnoj Državi Hrvatskoj, Svet knjige, Beograd 2016. Obe knjige su štampane paralelno dvojezičko – na srpskom i engleskom jeziku.

Sudeći po čitaocima, Mirkovićev najznačajniji rad jeObjavljeni izvori i literatura o jasenovačkim logorima, „GrafoMark“ Laktaši, „Besjeda“, Banja Luka, Muzej žrtava genocida Beograd, Banja Luka – Beograd, 2000, 551.S obzirom na to da je rad pripremljen i u digitalnoj internet verziji, ono ne pripada samo istoriografiji u Srba jer ima brojne korisnike širom sveta.
Radovi Jovana Mirkovića su spomenici naročite vrste koji će nas podsećati na njegov doprinos istorijskoj nauci i kulturi sećanja.